Considerando a interacção multi-dimensional entre o organismo e a vacina, cinco categorias distintas de efeitos toxicológicos podem ser identificadas:
- Toxicidade directa de componentes da vacina
- Toxicidade relacionada com a actividade farmaco dinâmica
- Reacções adversas relacionadas com a activação de processos biológicos pré-existentes
- Toxicidade de contaminantes ou impurezas presentes
- Reacções adversas devido à interacção entre os vários componentes da vacina
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